Название ордена произошло от итальянского «capuccio», что значит «капюшон». Монахи отделились от францисканского ордена, а коричневая ряса с остроконечным капюшоном стала их традиционной одеждой. В 1525 году францисканский монах Матео де Баскио покинул общину и решил, подобно св. Франциску Ассизскому, жить в бедности, путешествуя и проповедуя. Монах был схвачен и заточен в тюрьму, однако, отпущен благодаря заступничеству племянницы Папы Клемента VII. Осенью этого же года к монаху присоединились еще двое братьев ордена, за что все трое были отлучены от церкви. Но в 1527 году в округе Камерино разгорелась чума, что сыграло роль в образовании ордена. Самоотверженная помощь больным вызвала сочувствие у церковных властей, и в 1528 году новый орден был признан. В это время ряды ордена активно пополнялись. В 1534 году к ним присоединился и глава местного ордена францисканцев — тот самый, который вначале велел заточить де Баскио в тюрьму.
Монахи изначально занимались благотворительной деятельностью: посещали заключенных в тюрьмах, заботились о тяжелобольных и раненых на полях сражений. Во время эпидемии чумы в Италии в XVII веке погибло более 400 монахов, ухаживающих за больными. Но труды были высоко оценены простыми людьми, а членов ордена стали называть «братьями народа»
Монахи придерживались заветов св. Франциска Ассизского и давали обет бедности. Особый узелок на веревчатом поясе означает крепость этого обета. Изначально орден появился на родине святого — в Италии, а затем члены братства распространились по всей Европе.
Еще одним краеугольным камнем была жизнь в отшельничестве — братья поселялись лишь небольшими хуторами и вели самостоятельное хозяйство. Немаловажную роль играла постоянная глубокая молитва, медитация, обучение, чтение. В течение дня монахи работали в хозяйстве — в саду, на кухне и т. д.
В настоящее время в мире насчитывается около 11000 монахов-капуцинов, которые также, как и прежде, помогают обездоленным, больным и нуждающимся.
Один из монастырей находится в австрийском Зальцбурге, на горе с одноименным названием — Капуцинерберг. В 1596 году бишоп Зальцбурга Вольф Дитрих фон Райтенау в противовес Реформации основал в Зальцбурге в дополнение к существующему францисканскому ордену орден капуцинов. Церковь была построена и освещена в 1602 году, а монастырь стал центром церковного образования в регионе. Монахи подчинялись не бишопу, а самому Папе Римскому. В 1810–11 гг. монастырь был занят войсками Наполеона, а прекрасный монастырский сад с лекарственными растениями был вытоптан конницей. Еще тяжелее братству пришлось во времена 3-его Рейха. В 1939 году монастырь и церковь были конфискованы властями; планировался их снос со строительством на этом месте здания для окружного форума. Монахи смогли вернуться на эту землю только в 1945 году.
В 1988 году Папа Иоанн Павел II во время посещения Зальцбурга остановился именно в этом монастыре в знак уважения к братству. В настоящее время в монастыре проживает от 4 до 6 монахов, регулярно проводятся открытые для посещения службы.
